Visbam¶
Visbam은 여러 Bam file들의 coverage를 계산하여 visualize하여 주는 프로그램입니다. 주요 기능은 다음과 같습니다.
- Coverage Visualize
- 여러 Bam 파일들의 coverage를 계산 후 하나의 line plot으로 표현합니다. 계산 후 결과를 caching하여 한번 계산한 후에는 더욱 빠르게 visualize 할 수 있습니다.
- RefSeq Visualize
- Bam 파일의 coverage가 선택한 dna의 어느 위치에 있는지 알기 쉽도록 coverage 계산 결과 하단에 RefSeq data를 토대로 exon정보 등을 표시합니다.
- Sample Clustering
- Bam 파일들을 coverage의 계산 결과에 따라 두 그룹으로 나누어 줍니다. 각 그룹은 붉은색과 초록색으로 표시됩니다. Coverage 하는 알고리즘을 선택하고 설정을 바꾸어, 최적의 결과를 표시할 수 있도록 하였습니다. 현재 3가지 알고리즘을 지원하고 있습니다.
Prerequisites¶
Visbam을 실행하기 전 설치되어야 할 파이썬 패키지들이 있습니다. 아래 패키지들을 설치한 후 Visbam을 실행할 수 있습니다. Python 3 버전만 지원하며, 3.5.2 이상 버전을 권장합니다.
- NumPy : 여러 수학적 계산을 위해 필요합니다.
- pandas : Coverage 데이터 분석을 위해 필요합니다.
- Matplotlib : 그래프를 그리기 위해 사용됩니다.
- pysam : Bam 파일을 읽어들여 coverage를 구하기 위해 사용합니다.
- scikit-learn : NMF clutering과 clustering 과정에서 Silhouette score를 계산하기 위해 사용됩니다.
- scikit-misc : Loess smoothing 을 위해 필요합니다.
Inputs¶
Visbam을 실행시키려면 여러 input이 필요합니다. 필수로 넣어야 하는 Required arguments 와 선택 옵션인 Optional arguments 이 있습니다. Optional arguments 중에서도 특정 option을 입력할 시 필수로 입력해야 하는 필드가 있으니 주의하시기 바랍니다. 전체 명령어의 목록은 다음과 같습니다. 더 자세한 설명은 아래 문서를 참고하십시오.
Process¶
Visbam의 실행 프로세스와 알고리즘을 적어 놓은 문서입니다. 전체적인 과정을 정리하면 아래와 같습니다.
전체적인 Visbam Process 요약도
각 단계별로 개별적으로 문서를 정리하였습니다.
- Reading files
- Select range to display
- Smoothing the graph
- Clustering samples
- Drawing the final graph
Outputs¶
Visbam의 출력 결과를 정리한 문서입니다. clustering 과정에서 제공하는 중간 결과 그래프와 최종적으로 그려지는 coverage의 line plot이 있습니다. 단계별로 나올 수 있는 output들을 따로 정리하였습니다.