Required arguments

Visbam을 실행할 때 필수로 입력해야 하는 필드들입니다. 이 필드들을 입력하지 않으면 실행이 되지 않습니다.

bam_path

--bam_path <bam_path>

Bam 파일들이 있는 경로를 지정하여 줍니다. 디렉토리 내의 폴더 안에 있는 Bam 파일들은 검색하지 않습니다. 이 디렉토리에 있는 Bam 파일들중 sample_path 파일의 목록에 있는 Bam 파일들만 coverage가 계산되며 그래프로 결과가 출력됩니다.

sample_path

--sample_path <sample_path>

bam_path 중 coverage를 계산할 Bam 파일 목록을 저장한 파일의 경로를 지정합니다. sample_path 파일에는 각 Bam 파일명의 ‘.’앞까지의 이름이 엔터로 구분되어 있어야 합니다.

Warning

파일명은 맨 앞의 ‘.’이 위치한 바로 앞부분까지만 적어야 합니다.

예시 :

MS190000066_S8.bwamem.sorted.dedup.realn.recal.dedup.bam

-> MS190000066_S8

normal_path

--normal_path <normal_path>

그래프를 그릴 Bam 파일을 normalize해줄 Normal Bam 파일들의 경로입니다. 디렉토리 내의 폴더 안에 있는 Bam 파일들은 검색하지 않습니다. 이 Bam 파일들은 sample_path Bam 파일의 coverage를 normalize 할 때 사용됩니다. 따라서 이 디렉토리에 있는 Bam 파일들은 그래프로 출력되지 않습니다. normalize에 관한 내용은 Reading_Files 문서를 참조하십시오.

refseq_path

--refseq_path <refseq_path>

RefSeq 데이터를 불러옵니다. RefSeq 데이터는 TSV(Tab-Separated Values) 파일 형식이어야 합니다. 아래와 같은 column이 포함되어 있어야 합니다.

'bin', 'name', 'chrom', 'strand',
'txStart', 'txEnd', 'cdsStart', 'cdsEnd',
'exonCount', 'exonStarts', 'exonEnds', 'score',
'name2', 'cdsStartStat', 'cdsEndStat', 'exonFrames'

또, NR을 제외한 NM만 불러옵니다.

variant_path

--variant_path <variant_path>

Genetic variants 의 데이터가 있는 경로를 설정해줍니다. 각 파일의 파일명의 시작은 Bam 파일의 파일명(‘.’앞까지)이어야 합니다. Genetic variants 는 TSV(Tab-Separated Values) 형식의 txt 파일로 열에 RefSeq, Pos, Effect 가 포함되어 있어야 합니다. 출력 결과는 Drawing the final graph 문서에서 참고하실 수 있습니다.

refseq

--refseq <refseq>

그래프를 그릴 RefSeq 의 NMID를 적어야 합니다. 이 NMID의 시작과 끝이 coverage를 추출할 범위입니다. NR을 제외한 NM만 가능합니다.

Warning

뒤에 버전(. 뒷부분)은 떼고 적습니다.

예시 :

NM_001005484.1

-> NM_001005484

prefix

--prefix <prefix>

output을 출력할 경로와 파일명을 지정합니다.

Warning

코드가 존재하는 경로를 기준으로 확장자를 제외한 파일 경로와 파일명까지만 적습니다.

예시 :

코드 경로가 user/unknown/code/visualize.py 이고,

저장할 경로가 user/unknown/pdf/coverage.pdf 이면

../pdf/coverage 를 적으면 됩니다.