Final graph¶
최종 결과물 그래프에 대해서 설명을 하는 페이지입니다.
--combine_slices 옵션이 켜져 있을 시 하나의 PDF로 출력됩니다.
그렇지 않으면 각 slice별로 출력됩니다. 각 슬라이스의 파일 명 뒤에는 slice 된 번호 (혹은 exon 번호)가 붙습니다.
그래프는 크게 coverage 부분, RefSeq 부분으로 나누어집니다. coverage 부분에서는 sample별로 계산한 coverage들을 표시합니다. RefSeq부분에서는 불러온 RefSeq을 전부 표시합니다.
Coverage¶
최종적으로 계산한 coverage를 표시하는 부분입니다. 여기에 Genetic variants 도 함께 표시됩니다.
Coverage 는 line plot으로 그려집니다.
Clustering 을 하지 않을 시 모든 그래프가 반투명한 초록색으로 그려집니다.
Clustering 을 할 시에는 그래프가 빨간색, 초록색 두 그룹으로 나뉘어져 그려집니다.
Clustering 을 할 시 각 slice별로 좌측 상단에 Clustering Evaluation 그래프를 표시합니다.
Clustering Evaluation 은 silhouette score 기반으로 그려지며 값은 각각 -1 이상입니다.
또 두 그룹으로 나누어서 해당하는 group의 색으로 표시하여 줍니다.
Coverage line plot 위에 Genetic variants 를 표시합니다.
각 Genetic variants 의 Effect 별로 모양이 달라집니다.
모양이 어떤 Effect 를 의미하는 지는 우측 상단에 Legend 를 통해서 확인 할 수 있습니다.
또 색은 Genetic variants 의 Bam이 어떤 group에 Clustering 되었는지에 따라 달라집니다.
그리고 그래프 하단에 Genetic variants 가 존재하는 position에 한해 position별로 Pie Graph 가 표시됩니다. 어떤 group의 Bam의 Genetic variants 가 그 position에 있는지 한 눈에 확인할 수 있습니다.
