Smoothing the graph

그래프를 더 간단히 볼 수 있도록 smoothing 하는 과정입니다. Smoothing은 두 가지 알고리즘을 선택하여 진행합니다. --smoothing 옵션에서 average 와 loess 중 하나를 선택할 수 있습니다..

원본 그래프

Average

Average가 10 일 때 그래프

Average가 100 일 때 그래프

Average 는 각 position 앞 뒤로 --average 간격 만큼의 평균을 계산하여 그 값을 구하는 방식으로 smoothing을 합니다.

Average가 100 일 때 --fill option을 켠 그래프

이 때 해당 position 앞뒤로 --average 만큼의 값이 없는 position의 경우에는 그 값이 0으로 처리됩니다. --fill 옵션을 켜 exon 앞뒤의 값을 더 불러온 뒤 처리할 수 있습니다.

LOESS

LOESS 그래프

LOESS 는 scikit-misc의 loess라이브러리를 이용하여 smoothing하는 방식입니다. 자세한 방식은 scikit-misc 를 참조하십시오.