Drawing the final graph¶
최종 Final graph를 출력하는 과정입니다. 이전 과정에서 계산했던 smoothing 된(또는 그렇지 않은) coverage, Genetic variants , RefSeq 값을 이용하여 그래프에 표시합니다.
그래프는 --combine_slices 값의 활성화 여부에 따라 한 파일로 출력될 지 여러 파일로 출력될 지 결정됩니다.
Output 그림에 관한 자세한 설명은 Outputs 문서를 참조하십시오.
Coverages¶
먼저 sample들을 Line plot으로 표시하여 줍니다. Clustering이 진행되지 않은 경우 모든 sample이 초록색으로 표시됩니다. Clustering이 진행 된 경우, clustering 된 sample은 빨간색으로 표시됩니다.
그리고 해당 clustering이 얼마나 잘 되었는지 확인할 수 있는 Clustering Evaluation 그래프를 각 exon별로 그려줍니다.
Genetic variants¶
--variant_path 로 불러왔던 Genetic variants 를 일치하는 sample과 position에 표시하여 줍니다. 그리고 effect 별로 다른 모양을 표시하여 줍니다.
또 그래프 하단에 variant가 존재하는 position에 한해 Clustering 된 두 그룹의 비율을 pie marker로 표시하여 줍니다.