Optional arguments¶

Visbam의 Optional arguments를 정리해 놓은 문서입니다. 각 option의 기능별로 Drawing graph, Smoothing, Clustering 으로 분류하였습니다.

Drawing graph¶

그래프를 그리는 것과 관련된 option들입니다.

combine_slices¶

--combine_slices

Exon별로, 혹은 각 bp별로 나눠진 graph들을 합쳐주는 옵션입니다. 합쳤을 때와 그렇지 않을 떄의 차이는 Final_Graph 에서 확인할 수 있습니다.

curated_genes¶

--curated_genes <curated_genes>

RefSeq 데이터 중 <curated_genes> 파일 목록에 있는 NMID의 RefSeq 데이터만 표시합니다. <curated_genes> 파일은 TSV 형식으로 column에 RefSeq 항목이 포함되어 있어야 합니다.

draw_average_line¶

–draw_average_line 적용시 나타나는 average line(붉은색)

--draw_average_line

전체 샘플의 bp별 평균을 붉은색 line plot으로 표시합니다.

draw_span¶

Note

이 옵션을 이용하려면 exon_sliced 옵션이 비활성화되어야 합니다.

--draw_span <draw_span>

옵션 중 exon_sliced 가 활성화 되지 않았을 때, 그래프를 나눌 bp의 크기를 정합니다. 설정되지 않을 시 기본값은 10000입니다.

exclude_exon¶

Note

이 옵션을 이용하려면 exon_sliced 옵션이 활성화되어야 합니다.

원본

--exclude_exon 28 을 적용한 결과

--exclude_exon <exclude_exon>

일부 exon을 제외하고 표시합니다. Exon을 여러개를 선택하려면 쉼표로 구분하여 표시합니다.

예 :

--exclude_exon 1,2,3

exon_sliced¶

--exon_sliced

이 옵션을 켤 시, exon별로 그래프를 그릴 구간을 나누게 됩니다. 그렇지 않으면, draw_span 에 따라 나누게 됩니다. 각 그래프의 차이는 (링크)에서 확인할 수 있습니다.

exon_space¶

Note

이 옵션을 이용하려면 exon_sliced 옵션이 활성화되어야 합니다.

엑손 사이의 간격을 30bp로 두어 출력한 모습

--exon_space <exon_space>

exon_sliced 옵션에서 exon 앞뒤의 간격을 bp 단위로 설정하여 줍니다. int값을 받습니다.

font_size¶

--font_size <font_size>

폰트 크기를 설정합니다. 자연수 값을 받으며 단위는 pt입니다.

marker_size¶

--marker_size <marker_size>

Genetic variants 를 visualize할 때 marker의 크기를 조정합니다. 자연수 값을 받으며 단위는 pt입니다.

min_max¶

–min_max를 적용했을 떄 그래프

--min_max

그래프의 position 별 최댓값과 최솟값을 각각 이어 line plot으로 그린 뒤, 사이를 투명하게 채워 그래프를 표시합니다.

selected_refseq_only¶

--selected_refseq_only

선택한 refseq만 표시하도록 합니다.

ylim¶

--ylim <ylim>

그래프를 표시할 coverage의 최댓값을 설정합니다. 자연수 값을 받습니다. 이 옵션이 없으면 모든 sample의 coverage 중 제일 높은 값으로 설정됩니다.

Smoothing¶

그래프를 smoothing하는 것과 관련된 option들입니다.

smoothing¶

--smoothing <smoothing>

어떤 속성으로 smoothing을 할 지 설정합니다. 설정할 수 있는 속성은 다음과 같습니다.

average
loess

Smoothing 속성에 대한 자세한 정보는 Smoothing 을 참조하십시오.

average¶

average 10

average 100

Note

이 옵션을 이용하려면 smoothing 옵션이 average 이어야 합니다.

--average <average>

Smoothing이 average 일 때, average를 적용할 앞 뒤 bp 간격을 설정합니다. 자연수 값을 받습니다. <average> 가 1이면, 앞과 뒤에 각각 1 bp 가 적용되어 계산됩니다.

fill¶

Note

이 옵션을 이용하려면 smoothing 옵션이 average 이어야 합니다.

average 100 fill

--fill

Smoothing이 average 일 때, 앞 뒤로 average 만큼 간격을 더 주어 그 간격에서 Moving average를 계산합니다.

Clustering¶

Sample들을 clustering하는 것과 관련된 option들입니다.

clustering¶

--clustering

주어진 샘플을 두 그룹으로 clustering 합니다.

Note

아래 옵션을 이용하려면 clustering 옵션이 활성화 되어있어야 합니다.

clustering_mode¶

--clustering_mode <clustering_mode>

Clustering을 진행할 알고리즘을 결정합니다. 알고리즘은 각각 silhouette , nmf , splice_site 가 있습니다. 각 알고리즘에 대해서는 Clustering_Samples 문서를 참조하십시오.

Warning

위 3개에 해당하지 않는 값을 입력할 시 에러가 뜨고 프로그램이 종료됩니다.

select_exon¶

--select_exon <select_exon>

Clustering의 기준이 될 두 exon의 번호를 입력합니다.

Note

Exon의 번호는 아래와 같이 입력합니다.

예 :

1번과 7번 exon을 지정하고 싶다면
-> --select_exon 1,7